Dieta Atkinsa uchodzi za wyjątkowo kontrowersyjną – przeciwnicy uważają, że jest niezbilansowana, prowadzi do miażdżycy, osteoporozy i chorób nerek.
Amerykańscy naukowcy z University of Pennsylvania przeprowadzili badania na grupie 63 otyłych mężczyzn i kobiet w wieku 44 lat ważących przeciętnie 97 kilogramów. Osoby te podzielono na dwie grupy – grupę na diecie Atkinsa oraz na diecie konwencjonalnej (60 procent węglowodanów, 25 procent tłuszczów i 15 procent białek).
Ograniczono ilość kalorii – dla mężczyzn od 1500 do 1800, dla kobiet od 1200 do 1500 kalorii dziennie. Sprawdzano stan grupy po trzech, sześciu i 12 miesiącach. We wczesnej fazie grupa na diecie Atkinsa straciła dwa razy więcej masy ciała niż na diecie konwencjonalnej. Po sześciu miesiącach wyniki były podobne. Po roku – nieco gorsze (7,2 kilograma wobec 4,4 kilograma). Dieta Atkinsa zwiększyła znacznie poziom "dobrego" cholesterolu HDL, zmniejszyła zaś poziom trójglicerydów. Podobne wyniki dały badania przeprowadzone przez VA Medical Center w Filadelfii na 130 pacjentach.
Specjaliści zgadzają się, że nie zaobserwowano tak niekorzystnych efektów, jakie przewidywano, jednak ostrzegają, że trzeba przeprowadzić dalsze badania.
Opublikowanie książki "Dr. Atkins” Diet Revolution" w latach 70. zbiegło się w czasie z wysiłkami uznanych autorytetów, propagujących dietę dokładnie odwrotną – ubogą w tłuszcze, a bogatą w węglowodany. Nie przeszkodziło to książce Atkinsa znaleźć 15 tysięcy nabywców, a diecie – milionów zwolenników. Kolejna książka – wydana w roku 1980 "Dr. Atkins” New Diet Revolution" przez pięć lat była na nowojorskiej liście bestsellerów i sprzedała się w 10 milionach egzemplarzy. Wiele gwiazd filmowych było lub jest wyznawcami diety Atkinsa.
Komitet Polskiej Akademii Nauk uznał podobną do diety Atkinsa – "dietę optymalną" dra Jana Kwaśniewskiego – za "wybitnie szkodliwą dla zdrowia". Wydana niedawno opinia polskiego Instytutu Żywności i Żywienia także jest sceptyczna – dieta bogata w białka i tłuszcze, a uboga w węglowodany sprzyja zakwaszeniu organizmu, zaparciom, zawiera dużo cholesterolu, a jednocześnie nie zapewnia właściwej porcji witaminy C, potasu czy magnezu.
W Polsce w latach 1989-2000 wprowadzenie mechanizmów rynkowych spowodowało eksperyment żywieniowy na wielką skalę – zmniejszyło się spożycie tłuszczów zwierzęcych, tłustego mleka i wołowiny, a zwiększyło tłuszczów roślinnych, owoców i drobiu. Zatem wbrew zaleceniom Atkinsa, zmniejszył się udział w diecie białek i tłuszczów. W rezultacie umieralność na choroby układu krążenia spadła o 30 procent.