Jednak nowe badanie kliniczne analizujące ilościowo wpływ HTZ na zdrowie kobiet po menopauzie zostało przerwane z powodu wystąpienia zbyt wielu skutków ubocznych. Okazało się bowiem, że u kobiet otrzymujących tabletki zawierające estrogen i jeden z progestagenów częściej występowały zawały serca, udary mózgu i rak piersi niż w grupie otrzymującej placebo. Nie ma jednak podstaw do paniki, gdyż niebezpieczeństwo takich powikłań wzrasta do znaczących rozmiarów dopiero po pięcioletnim stosowaniu HTZ. Zatem krótkoterminowe leczenie dla złagodzenia objawów okresu przejściowego menopauzy nadal może i powinno być stosowane. Jeśli jednak pacjentki i lekarze planowaliby dłuższą terapię profilaktyczną chorób serca i układu krążenia, powinni zastosować sprawdzone metody obniżania ciśnienia i stężenia cholesterolu przez regularne ćwiczenia fizyczne, odpowiednią dietę i farmakoterapię. Także kobiety, które mają zachowaną macicę lub kłopoty ze zmianami guzkowymi w piersiach powinny poważnie przeanalizować sytuację ze swoim lekarzem przed podjęciem decyzji o substytucji. Mimo wszystko udało się jednak potwierdzić niezaprzeczalną skuteczność HTZ w zapobieganiu osteoporozie i złamaniom szyjki kości udowej, a także w zmniejszeniu częstości występowania raka jelita grubego. Nadal w toku jest inna próba kliniczna z HTZ, jednak tym razem tylko z estrogenami, której celem jest wykluczenie negatywnego wpływu progestagenów na powstanie powyższych zmian.
